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賴耶與轉識互為因緣
「阿賴耶識」攝受自體的熏習，因業感成熟，現起五趣的一切生命自體。而在自體中依止現行的諸根而生起心識的認識作用，或者受用苦樂的果報，這是屬於「轉識」，賴耶只能現起，它沒有任何苦樂的享受。轉，是生起現起的意思。所以轉識於三界諸趣所有的一切自體，是能受用者。能受用者，有二種：(1)六識稱為「受用識」，它能受用六塵境界；(2)所依的身者識，它能執受諸趣的自體。

彌勒《辨中邊論》把諸識分為兩類：(1) 「緣識」，是能為諸法生起因緣的「阿賴耶識」；(2) 「受者識」，就是能受用諸趣自體的「轉識」。這「受者識」有三種心（所）法：1. 「能受用」，就是受蘊；2.「分別」，就是能取境界相貌而安立言說的想蘊；3. 「推」，就是行蘊，主要是思心所。因為「思」有推動心的力量。這三種心（所）法，都是與「轉識」俱有相應的，能夠助成「受者識」共同受用境界。所以，「轉識」就是一切雜染品類諸法，因為一切雜染諸法，都是以「識」為體的。

《阿毘達磨大乘經》伽陀曰：「諸法於識藏，識於法亦爾，更互為果性，亦常為因性。」

諸法就是「轉識」。現行的諸法皆是從賴耶種子所生，從「轉識」望於種子「阿賴耶識」，轉識是賴耶的所生「果」，賴耶是諸法的「因」。現行的諸法熏習於「阿賴耶識」，從賴耶望於現行的諸法，那賴耶是現行諸法的「果」，諸法又是賴耶的「因」了。所以說，「更互為果性，亦常為因性」。

從第一「分別自性緣起」來說，本識與轉識的互為因果，是屬於互為「因緣」的。

從第二「愛非愛緣起」來說，十二有支緣起，由無明等的增上勢力展轉而引發，使到行等的業力，於善惡趣能感受異熟的果報，所以是四緣中的「增上緣」所攝。

從第三的六識「受用緣起」來說，是由三種緣：(1) 「增上緣」，就是六識各自的所依根；(2)「所緣緣」，就是六識各自的所緣境；(3)「等無間緣」，就是前念的無間滅意根。這裡只是從它的依根緣境的受用邊講，所以只說其餘三緣，不說因緣。

第一「分別自性緣起」，它是依無受盡相「名言熏習」建立的；第二「愛非愛緣起」，是建立在招感業果的意義上的；第三「受用緣起」，是在依根而受用境界上建立的。這三種緣起，如把它總合起來，是具有四緣的。

抉擇賴耶為染淨依
賴耶三相的安立，主要說明分別自性是諸法的「所知依」，目的就是能夠作為一切所知的雜染、清淨諸法的依止。雜染可分為：「煩惱」、「業」、「生」三種差別；清淨有：「世間清淨」和「出世清淨」二種的不同。

煩惱雜染
從欲界現象說，以眼識為例，如果眼識是所熏習，貪等煩惱及隨煩惱是能熏習，它們都是俱生俱滅的，眼識剎那謝滅後，立刻有其餘的識生起，眼識成為無體，而熏習必需攝持在所熏的相續中，這眼識顯然是不能一味相續了。再者，所熏習而成煩惱的種子，是眼識的，不是其餘耳識等的。這樣，熏習的種子，和熏習所依的眼識，都是不可得的。眼識不能一類相續的堅住，又不能住在其餘的識中，所以熏習是決定不可得的。這惟有建立「阿賴耶識」，才可避免熏習不成的過失。

從上界退生下界說，例如從「無想天」等上界諸地死歿的天人，他要來生此欲界，但是他的下界的染識早已滅了才能得生色無色界，他已經沒有欲界染識的種子了。如果他要來生欲界，他初生的一念識，是欲界煩惱及隨煩惱所繫屬的，那豈不是無種而生，這是不能成就的。如果有「阿賴耶識」執持著雜染種子，待他到上界壽盡還生下界時，那初生的一念染識就可以從賴耶中的種子生起現行。

從對治來說，對治「煩惱識」是需要有無漏心的生起。無漏心生起時，一切世間的有漏識都會滅除。但是初生的「對治識」只能對治見道所斷的煩惱，對於修道所斷的煩惱是不能對治的。同時，這「對治識」的自性是解脫離繫的，它也不能攝持有繫縛的惑種。

因此，這修道的惑種必然還在有漏識中，這有漏識就是「阿賴耶識」。所以必需要有「阿賴耶識」執持著雜染種子不可。又或者，在見道後，出無漏觀的時候，有漏的世間識還是要生起的，這時假如離開了「阿賴耶識」作為它的能生因，那就無種子可生起有漏六識了。

由上種種的道理看來，可見必須建立「阿賴耶識」，作為煩惱雜染的所依。假使想離開「阿賴耶識」以外，另行建立，結果只有煩惱雜染皆不得成立了。

業雜染
十二緣起是約三世輪迴說，或約二世說的：前十支從「無明」到「有」是現在（或過去）因，「生」、「老死」二支是未來（或現在）果。「行緣識」，行支是說身口意三業，這業行與識是俱生俱滅的，熏習成的業種攝藏在識中，如果說這識是六識，六識是有間斷的，不堅固，前後相違差別的，是不能受熏成種的。所以必須要有「阿賴耶識」執持著雜染種子，到因緣成熟時才能從賴耶中的種子生起現行。「取緣有」，取是四取，有是臨近招感後有果報的有支熏習。「阿賴耶識」中的業種子，由取力的熏發，使它成為感受後有果報的有支熏習。假使不建立「阿賴耶識」，業種子就沒有被攝藏的處所，那麼「取緣有」便不得成立。「行」是現業，「有」是成熟的業種，都在現世說。若不許有「阿賴耶識」，這業雜染就不得成立。

生雜染
結生相續，是說眾生一期生命結束後相續不斷的開展另一段新的生命週期。假如眾生在欲界死歿後，還在欲界受生，「死有」與「生有」之間的中有身，依中有位的意根，起染污意識作結生相續的活動，這染污意識是緣生有境的，所以是會生起瞋或愛的。它於此「中有位」剎那滅後，就進入「生有位」，並於母胎中與羯羅藍更相和合，成為新生命的自體。既和合了以後，又依止這和合了的意識，在母胎中再有意識轉起，這樣的話，就同時會有二個意識在母胎中了，這在契經中說明是不可能的。最初入胎時的意識，有攝受生命自體的力量，如果說它是意識性，是不應道理的。再從三方面來說明：(1) 最初入胎的識是染污的，但一般的意識卻不一定；(2) 結生相續的和合識從入胎到老死，在一期生命中，是相續不斷的，但意識卻有間斷的時候；(3) 意識的所緣是明了可得的，但母胎中的「和合識」，它的所緣境是不可知的。所以，這個最初入胎成就與羯羅藍和合的識非是意識，是阿賴耶果相的「異熟識」和因相的「一切種子識」。

從生位上說，「阿陀那識」執取身根，使得色根從出胎到老死，在一期生命中不爛不壞，這在其餘的「轉識」中是找不到執受色根功能的。死人和活人的差別，就在於有無識在執受根身。契經說：『識緣名色，名色緣識，如是二法展轉相依，譬如蘆束俱時而轉』。「識」，是根本識；「名」，是非色的受等四蘊，轉識也是攝在名中；「色」，是羯羅藍。名色以識為緣，識又以這名色為所依止，相續而轉。識支的識與名中的識，同時相依，如二蘆束，不能說它同是一識。又經上說：「一切有情皆依食住」。資養增益維持有情的生命，叫「食」。佛陀說食有四種：段食、觸食、思食、識食。「識」有維持有情生命資養有情根身的作用，所以叫「識食」。由於有漏識的執受，一期的生命才相續而住，不死不壞，所以這「識」必是恒時相續，遍於三界，執持身命的「異熟識」。

再從上界受生說，假如有情從欲界死，在上二界受生，當他結生相續的正受生時，一定是由欲界散心的染污意識去結生相續的。這結生心是「中有」的末心，它繫著上界的定味而生起愛著，所以是染污的散心。這欲界地的散心，是不屬於欲界，它是上界煩惱所繫的而屬於上界地所攝的。若說在欲界臨死的一剎那中帶有種子，可是欲界死歿的那一念是欲界地心，受生的是上界地心，二者是不能俱生俱滅的，那怎能受熏而成為上界的染心種子。

又從生無色界的有情來說，假如離開「一切種子異熟識」，那麼這無色界的染污善心，就應該無種子作為它的生起之因，亦沒有生起它的所依持的法。這善心是指無色界的三摩地心，貪著愛味這三摩地，它是染污的。因為除了「異熟識」以外，其它的一切都不能合乎攝持種子的定義，唯有「阿賴耶識」攝受種子，染污善心才能夠各各從自種而生。又從有漏無漏的不同來說，無色界天上的有情，前五識是沒有的，如果不承認「異熟識」，那就只有第六意識。這樣，無色界有情，在無漏出世心正現在前的時候，除了這現前的無漏心外，其餘的一切有漏世間心，都已經滅盡了。異熟總果報體，是建立在「識」上的，生在某一趣，就有某一趣的「異熟識」。如果不立賴耶為異熟體，那就沒有異熟趣的世間心，這豈不是不由功用，就證得「無餘涅槃」，這是很大的過失。

再從死位上說，死，是生命最後的一念，它是有生命存在的。經說『壽煖識三，更互依持』。有情的生命將告結束時，因為造善造惡而有或下或上的所依漸冷的不同。這所依的漸冷，表顯了「識」的漸漸離開，生命也就漸漸的完結。煖沒有了，就知道是「識」再也不執持色根；從這執持的一點，就可以有力的證明「阿賴耶識」。

總的說，離了「異熟識」，不論以其餘的那一法作為種子體，是決定不可得的。所以必須承認有「阿賴耶識」，從無始時來，攝持著雜染的業種子，作為眾生結生相續的根源。