众所周知，在中国禅宗史上有如来禅与祖师禅，然二种禅法的弘传与修学在不同时期亦有所不同：
一、初祖至六祖皆以如来禅相传
何为如来禅？如来禅的本意为“如来所得之禅”或“如实入如来地之禅”，是证入如来之境、区别于外道和二乘菩萨所行的“最上乘禅”。《楞伽经》卷二云:“云何如来禅?谓入如来地，得自觉圣智相三种乐住，成办众生不思议事，是名如来禅。”但如来禅在中国禅史上，它的涵义并不是一成不变的。
起初，如来禅与达摩大师所传的禅联在一起的。从达摩大师至惠能大师的禅法，最初都是被称作“如来禅”。例如唐代宗密禅师在《禅源诸诠集都序》中谈到各种禅的时候曾说:
“若顿悟自心本来清凈，元无烦恼，无漏知性本自具足，此心即佛，毕竟无异。依此而修者，是最上乘禅，亦名如来清凈禅，亦名一行三味，亦名真如三昧。此是一切三昧根本，若能念念修习，自然渐得百千三昧。达摩门下，展转相传，是此禅也。”
可见，宗密禅师明确地把达摩大师门下所传的禅称之为最上乘的“如来禅”。另外，根据《坛经》的记载，惠能大师自己也是以“如来禅”来标榜的，他曾强调“无所从来，亦无所去，无生无灭，是如来清凈禅。”正因为如此，印顺法师曾明确地说:“慧能的法门，实际上也邃是《楞伽》的如来禅。”
二、南宗禅兴起后出现分歧
但是，在惠能大师所传的南宗繁兴起来以后，却出现了把“如来禅”和“祖师禅”对立起来的局面，并贬低“如来禅”。“祖师禅”的最早出现，似始于潙山灵佑门下。据《五灯会元》卷九载，香严智闲在除草时，偶抛瓦砾，击竹作声，忽然省悟。仰山慧寂前往勘验。智闲先以“去年贫犹有卓锥之地，今年贫锥也无”之语来表达自己的了悟，慧寂只承认他会了“如来禅”。智闲又说:“我有一机，瞬目视伊。若人不会，别唤沙弥。”慧寂乃许他会了“祖师禅”。于是，在中国禅史上，便有了与“祖师禅”相对的“如来禅”。这时的“如来禅”意义颦然发生了变化。
如果从惠能大师把达摩大师的“藉教悟宗”发展为“藉师自悟”、惠能大师以后“祖师”的地位在南宗中日趋重要、参禅提问者都问“祖师西来意”而将佛推至一边等事实来看，以“祖师禅”指称惠能大师以来的禅，似未尝不可。与出自经文的“如来禅”相比，“祖师禅”似邃能更突出南宗不立文字、以心传心的“教外别传”之特色。换言之，“祖师禅”可以作为一个反映中国禅宗不同发展阶段及其特点的历史概念来使用。
三、总结
但如上所示，在禅门中，“祖师禅”最初却是以其区别于如来禅、且高于如来禅而提出来的。祖师禅被用来形容不落阶渐、直了顿悟的宗门禅，特别是惠能大师以下的南宗禅，以强调达摩西来、祖祖相传的心法，如来禅则被用来描绘那种依教修证、未能直契心性之禅，亦即泛指传统的禅宗之外的“如来所说的各种禅法”，这些禅法被认为只是教内文字而不是禅的最高境界。这様，“最上乘”的如来禅一变而成了教内相传的“未了”之禅的代名词，只有惠能大师以下的“祖师禅”才能称得上是“教外别传”至极的最上乘禅了。“祖师禅”虽然仍被说成是传自达摩大师，其实却成为惠能南宗禅的专称。从实际情况看，祖师禅的提出，在很大程度上是南宗门下为了标榜自己嫡传达摩祖师的心法以贬斥神秀北宗等其他禅系而提出来的。
