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祖师禅：不立文字祖祖本传之禅也，对楞伽经所说之如来禅而立此称。即以如来禅为教内未了之禅，以祖师禅为教外别传至极之禅。如来禅：又名如来清净禅。楞伽经所说四种禅之一。如来所得之禅定，即首楞严定也。依此禅定穷究法身般若解脱三德秘藏之大涅槃，而起无作之妙用，别于外道二乘菩萨所得之涅槃，谓之如来禅。
如来禅与祖师禅，本来无二。但如来禅，就迷中说悟，要修而后入。祖师禅，直指不属迷悟一著，不假修为，要人直下顿了自心。如来禅者，单论无相本体，多谈空性；祖师禅者，于相用处论佛性，多论佛性。如币有一体二面，各侧重一面。在六祖那里，只说到如来清净禅，并无如来禅与祖师禅的差别。而到了仰山与香严的对话，才有了如来禅与祖师禅的区别对待。若依仰山与香严二位来谈如来禅与祖师禅的区别，即是空如来藏与不空如来藏的差别论述。如来禅与祖师禅就好比一体二面。祖师一生中，谁也不可能只单讲一面。只是先前的祖师以如来禅来教化的比较多，后来的祖师，用祖师禅的风格来教化的比较多。二者也各有弊端，如来禅风格的多泥于定功空境，而祖师禅又易落于狂禅，未悟言悟。