藏区出现的佛教宗派虽然很多，但总的分为两大类，这就是宁玛（旧派）和萨玛（新派）。在此基础上形成了四大教派，信守古老密宗教义为主的宁玛派和以遵循新的密宗教义为特征的萨迦、噶举、格鲁等教派。
宁玛是藏传佛教最古老的教派。它的历史追溯到８世纪吐蕃藏王赤松德赞时期的莲花生大师。宁玛派作为一种有系统教义、寺院和僧伽组织的正式教派形成于１１世纪，直到１６世纪，在西藏统治者的大力扶植下有了显著的发展，并出现了规模比较大的寺院━━西藏的敏珠林寺、土登多杰扎寺和四川西部的竹庆寺等。
１１世纪由玛尔巴和米拉日巴师徒传承下来的教派称为噶举派。由于这个教派在传承密宗时注重师徒口耳相传，故有噶举之称。米拉日巴作为一个著名的宗教实践家，为该派的传播和形成做出了很大贡献。自米拉日巴起，专居荒郊进行苦修成为该教派的一大特色。许多僧侣终身留发，头顶发髻，常进山洞修行。噶举派后来分化出“四大支八小支”，使该教派成为藏区支系最多的教派，但最后保存下来的只有几个支派，即噶玛噶举（分黑帽系和红帽系两派）、止贡噶举、达垄噶举、主巴噶举等。每个支派以一个主要寺院作为据点和中心，称为母寺或主寺，如噶玛噶举以拉萨北部的楚布寺为主寺，达垄噶举以拉萨北部的达垄寺为母寺，止贡噶举以墨竹工卡附近的止贡寺为主寺，康区以德格的八邦寺为中心寺院。在羊卓雍错南面的桑顶寺是藏区唯一女活佛转世的噶举派寺院，该教派在藏区首先采取了活佛转世制度。
１０７３年，昆·滚曲杰波创建萨迦寺，由此形成萨迦教派；又因此派寺院围墙涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色条纹，俗称花教。该教派的教主由家族世代相承，不禁娶妻和生儿育女。修习显密二法，而以密法传承。至元代萨迦派势力最盛，公元１２４７年，萨迦四祖应中国元朝的前身蒙古汗国的王子阔端召请，在凉州（今甘肃武威）与阔端议定了西藏归顺的条件，并致信西藏僧俗各界予以施行。１２７１年元朝建立。自此西藏地方正式纳入中国元朝等历代中央政府的管辖。第五祖八思巴被元世祖忽必烈封为帝师，领宣政院事，执掌西藏的政教大权。政教合一的统治由此教派开始。
１５世纪初叶，格鲁教派的创立者宗喀巴针对当时佛教各教派戒律废弛，僧人追逐世俗权势财富等情况，主张僧侣严守戒律、崇尚苦行、独身不娶、脱离农事，教义上强调先显后密，循序渐进地学习。在众多封建领主的支持下，格鲁派势力迅猛发展，最终成为西藏占绝对优势的藏传佛教教派。宗喀巴在世时，该教派以他亲自创建的甘丹寺为主寺，所以又称甘丹派；又因宗喀巴及其弟子为了区别于旧的各教派，乃头戴黄帽，故又俗称黄教。该教派也采用活佛转世系统，达赖和班禅是该教派中最大的两大活佛转世系统。著名的格鲁派寺院有西藏的甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺（这三个寺俗称拉萨三大寺）、扎什伦布寺（班禅的驻锡寺院）、昌都寺（帕巴拉的驻锡寺院）等，以及青海的塔尔寺、甘肃的拉卜楞寺等。
