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派佛教中各部派爭論的問題，主要可歸納出以下基本問題：

1.有無、真假的問題：如前所述，部派佛教的學說，大體上分別以大眾部和上座部為兩大主流而分裂發展。這兩大主流在理論上的差別，主要宗旨不外乎「空有之爭」，大眾部主張「空」，所以近乎大乘，上座部主張「有」，偏重於深奧的理論研究，於法義做精微的分析。如說一切有部主張「三世實有，法體恆有」，認為一切世間法、出世間法都有實體，有一種真實的客觀存在，因此對一切諸法廣為分別，對一切法做「五位七十五法」的歸納分類，深深影響了後來的法相唯識宗。另外，如犢子部則不僅主張世間法實有，而且進一步認為我法亦有。

大眾部系的一說部主張世間法、出世間法都是假名，全無實體；說出世部認為世間法是假名，而出世間法全是真實；說假部則認為世間法與出世間法各有一部份是假名。以上這些關於有無、真假的問題，是就各部派的相對立場而分判的，不像後來大乘論典中各派的主張那樣明確。

2.佛陀觀的問題：上座部大致延續原始佛教的看法，認為佛陀是由世間修行而解脫成佛的，他的生身與世人一樣有苦樂感情。所以，佛陀被視為歷史真實存在的教主，是人天導師，是人格圓滿的覺悟者。大眾部則認為佛陀並無生滅變化，是威力無邊，超越時空的偉大聖者。佛陀能夠示現種種法身，印證「十方三世」有無量無數的佛。後來的大乘佛教直接繼承大眾部這種佛陀觀，奠定了成佛理論的基礎。

3.心性及解脫問題：上座部認為心有染有淨，染心不能解脫。大眾部則主張「心性本淨」，人心本來清淨，只因後天各種煩惱貪著染污，成為凡夫，所以藉由修行去除染心，必能得到解脫。此說成為大乘佛教「佛性論」的理論基礎。

4.輪迴轉世的問題：各部派主張，在三世六道輪迴的主體就是心識。他們爭論兩個問題，一是「補特伽羅」的有無，一是「中有」的有無。「補特伽羅」就是指輪迴轉生的主體，這個問題在上座部系統各部派間被廣泛討論著。其中，犢子部和正量部認為有一個補特伽羅存在；經量部認為人體內有個叫做「一味蘊」的命根，後來被唯識學派吸收發展為「阿賴耶識」；說一切有部則主張有一個「世俗補特伽羅」或「假我」存在。

關於「中有」的有無，說一切有部認為在欲界、色界都存在「中有」，它是生死輪迴的中間環節。他們並且認為「中有」的形狀像個五、六歲的孩童，但微細難見，能透過一切障礙物，少經七日，多經四十九日，就能投胎下一生，並且根據前世的善惡業來決定投生的處所。但大眾部系統則否認「中有」的存在，認為並沒有今生來世之間的神識。