关于心性之是否清净，佛教各派之间颇有争议。部派佛教时期的《舍利弗阿毗昙论》卷二十七说：“心性清净，为客尘染。凡夫未闻故，不能如实知见，亦无修心。圣人闻故，如实知见，亦有修心。心性清净，离客尘垢。凡夫未闻故，不能如实知见，亦无修心；圣人闻故，能如实知见，亦有修心。”这是关于“心性说”的最初论述，给出了“心性本净”说的基本含义。心性本净，是内在性的，如主；烦恼飘忽来去，是外在性的，如客；故心性本然不与烦恼相应，即本然离烦恼尘垢。由此，不论染位、净位，皆说心性是本然清净的。在染位，明净的心性被客尘所染，而呈染相，譬如矿石中有金子；在净位，脱离尘垢，而呈净相，譬如纯金。与此相应，修行的目的就是去除烦恼客尘，让本来清净的心性圆满显现出来。
所以《异部宗轮论》中叙大众部的宗义时说：“心性本净，客尘随烦恼之所杂染，说为不净。”《大毗婆沙论》卷二十七说：“如分别论者，彼说心本性清净，客尘烦恼所染污，故相不清净。”
由此而知，本净的心性和客尘烦恼只是一体两面的表现，心体本净，如如不动，相和用千差万别，转烦恼为菩提，都是在当下当体，并非离开烦恼而另找窍诀，在不清净相上转变执着入空性见，当下的森罗万象即是清净相，此时之用则是无穷妙用。
所以后期的大乘佛教思想承继心性本净说而又有发展，在初期、中期及后期大乘经论中皆可窥见‘心性本净，客尘烦恼所染’的思想型态；且以如来藏、佛性、真如、空性、净识、圆成实性等形容心性，作大乘思想的推衍。
