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佛陀起初禁止持誦密咒, 但隨著僧團漸大, 為了方便攝化皈依學佛婆羅門, 開許誦持對治毒藥 、 齒患和用作守護的咒語。
部派時期, 明咒和陀羅尼漸興。 大乘佛教出現, 大量與陀羅尼有關經典出現。
及後密教發展, 進而運用到止觀襌修上。 密法修行強調身口意三業與所觀想佛菩薩相應, 即手结契印、 口誦真言、 心作觀想三密相應。 再漸斬形成了供養、 持誦和觀想儀軌。

密乘佛教於五、 六世纪已具有一套完整宗教思想和修行體系。 教義承繼中觀派和瑜伽行派和世間觀, 主要經典有 <<大曰經>>、 <<金剛頂經>>等, 以「三密相應, 即身成佛」為理想。

乘宗唐朝傳入中國, 再傳入日本; 曰本現在仍有東密。 密乘 (包括顯密)另一傳入西藏, 結合地方政治文化傳统, 開出了藏傳佛教。