如來藏（梵語：Tathāgatagarbha），大乘佛教三大派別（中觀、唯識、如來藏）之一。
「如來藏乃法身在纏。」，故知眾生都有成佛的可能性。
在印度的哲學思想體系中，最早用到這個觀念的，是《梨俱吠陀》中的〈生主歌〉。
這是由人類懷胎生殖的過程，推想到世界的創造，也是由一個「金胎」開始，認為「金胎」中孕藏了這個世界的一切。
所以，如來藏的意思，就是「佛的智慧德相，眾生早已具足，只是還在胎藏的狀態，沒有顯現」。
胎藏，是源於懷孕生殖的想法，所以在一般的解說或譬喻中，也使用與血統有關的「種性」概念來表達。
如用「佛種性」，或簡稱為「佛性」，來表示在胎藏階段的佛智與佛德。所以，如來藏的意思，也就演伸為「眾生早已具足佛性」。
如來藏思想的形成，推測是由於大乘佛法興起後的某些思想，如《華嚴經》的佛德闡揚，法法平等，一即一切，相涉相入等思想所啟發。
在發展中，又與源於《阿含經》發展出來的「心性本淨說」，以及婆羅門教胎藏思想相結合而完成的。
這個思潮，沒有知名的論師作專門的宏揚，也沒有明顯的師門相承，但在漢譯的佛典中，至少就有十六部經、三部論，是以闡揚如來藏思想為宗旨的。
在大乘佛法的思想體系中，與中觀、瑜伽鼎足而三。
從思想發展來說，佛德的闡揚，與部派佛教中，大眾部系的理想佛陀觀，是同一系思想的發展。
法法平等，這是大乘佛法直從涅槃教說，從勝義境界而來的結論。
般若思想的平等，是從法的空寂、無自性來說的。
華嚴思想的平等，則是重於佛德，從「一即是多，多即是一」，相涉相入來表現的。
《雜阿含二六七經》中說：
「心惱故眾生惱，心淨故眾生淨。」並有類似「心性本淨」思想的譬喻教說，如舉「斑色鳥色種種」、「嗟蘭那鳥種種雜色」、「畫師、畫師弟子善治素地」，以及《雜阿含一二四六經》的「冶礦」、「煉金」等譬喻，可能對後來的「心性本淨」說，有啟發的作用。
部派佛教中，大眾部系與分別說部系，是闡揚心性本淨說的兩個主要部派。
到了大乘佛教時代，般若系的思想，以「自性空」的立場，說「是心非心」（心的自性不可得，所以說非心），否定心性本淨說（《小品般若波羅蜜經》，《大正大藏經》八‧五三七中）。
龍樹菩薩則更進一步，以「空」來解釋「淨」。
《大智度論》說：「畢竟空，即是畢竟清淨，以人畏空，故言清淨。」
（《大正大藏經》二五‧五０下）這是從勝義體悟的立場，糾正「心是本來清淨」的見解。這個立場，一直為後代「中觀」與「唯識」兩派的論師們所宗奉。
然而心性本淨說，正好和如來藏思想相順，所以就在發展的過程中，結合起來了。
於是說，眾生的心中，有本來「清淨」的「如來藏」，只是被外來（客）的煩惱（塵）所污染（覆蓋）罷了。
解脫，就是要將這些「客塵」抹除。這樣，清淨的如來德性，自然就會顯現出來。
從經典上來說，《華嚴經》是含有如來藏思想的最早經典。
《法華經》、《維摩詰所說經》，也都有含蓄的如來藏說。
而明確地表現出如來藏思想特色的，是《如來興顯經》、《大哀經》、《如來藏經》、《大般涅槃經》（前十卷）、《大雲經》、《大法鼓經》、《央掘魔羅經》、《勝鬘經》、《入楞伽經》、《不增不減經》、《無上依經》、《勝天王般若波羅密經》、《大乘密嚴經》等。論典方面，則以《寶性論》、《佛性論》、《大乘法界無差別論》為代表。
《大乘起信論》與《楞嚴經》，也是表現如來藏思想的經論，素為國人所熟悉，但或有懷疑這兩部經，是出自於中國論師的「偽作」。
如來藏思想的特色：
一、以通俗的譬喻說明為基礎：
《華嚴經》以蓮實藏在蓮花中，待花謝了，蓮子（比喻作如來）才會出現在蓮台上，來作譬喻說明。
《大法鼓經》引用《法華經》的「化城喻」、「窮子喻」來說明。
《大般涅槃經》以五味來說明佛性。
《央掘魔羅經》以《雜阿含經》中，央掘魔羅持劍追殺釋尊，釋尊所作的譬喻說為根據，作進一步地發揮。
《如來藏經》更以萎華（凋謝的蓮花）有佛、蜂群繞蜜、糠糩粳糧、不淨處真金、貧家寶藏、果種、弊物裹金像，貧女懷輪王、鑄模內金像等九種譬喻，來支持如來藏說。
與如來藏思想結合的「心性本淨說」，在《阿含經》中，也是以冶礦、煉金、洗頭、洗澡、洗衣、磨鏡等譬喻（《雜阿含一二四六經》，《增支部‧三‧一００經》），來作說明的。
以這些通俗的譬喻解說，讓我們有理由相信，如來藏說是為了適應世俗，而興起的通俗化佛法。
是「滿足希求」，啟發信仰的「生善悉檀」。
往後的「中觀」與「瑜伽」論師，都以「不了義」的立場，來判攝並導正如來藏說。
二、常、樂、我、淨：在《雜阿含經》中，對解脫的描述是「貪、瞋、癡永盡、一切煩惱永盡」，明確而容易體會。
部派佛教時代的論師，懷念佛陀的情感日濃，不但發展出理想的佛陀觀，對涅槃的看法，也產生了變化。
部分論師認為涅槃是出離生死，是超越時間與空間的，所以是常、是樂、是淨。如來藏說，以眾生本來具足佛德，所以胎藏於眾生中的如來，也應該是常，是樂，是淨。
《如來藏經》說：
「有如來藏常無污染，德相備足，如我無異。」（《大正大藏經》一六‧四五八下）
《大般涅槃經》說：
「佛法有我，即是佛性。」
「我者，即是如來藏義。一切眾生悉有佛性，即是我義。」（《大正大藏經》一二‧四０七中）
「何者是我？若法是實、是真、是常、是主、是依，性不變易者，是名我。」（《大正大藏經》一二‧三七九上）
這樣地說如來藏我，與《奧義書》所說的，是常、是樂、是知我，已經是相去不遠了。
而卻離《雜阿含經》「無常、苦、空、非我、非我所」的教說，越來越遠了。
三、不空如來藏：
《般若經》說，一切法如幻如化，本性空寂。
龍樹菩薩的《中論》，說一切法無自性空。
屬於比較後期集出的《大品般若經》說：「若新發意菩薩，聞是一切法皆畢竟性空，乃至涅槃亦皆如化，心則驚怖。為是新發意菩薩故，分別（說）生滅者如化，不生不滅者不如化。」
這表示了《般若經》，在普及化中的契機適應。
龍樹菩薩以後的大乘佛法，主張「有異法（指煩惱等）是空，有異法（指涅槃的境界）不空」的思想高漲，成為當時，以及往後大乘佛法思想的主流。
主張一切法空的思想，遭受訶責與批判，反而被認為是不了義說。
如來藏說是持這樣的立場，瑜伽大乘的思想也是如此。
如來藏說，既承襲了如來有常、樂、我、淨四德，就更進一步地主張，即使是在胎藏中的如來，也是常、樂、我、淨。
如來藏是實有的，不可以說是空的。
能空的，只是覆蓋在如來藏上的煩惱。
所以《勝鬘經》說，有「空如來藏，若離、若脫、若異：一切煩惱藏」，「不空如來藏，過於恆河沙，不離、不脫、不異：不思議佛法」（《大正大藏經》一二‧二二一下）。
「空如來藏」是指可以脫離的煩惱，就像如來寶珠上的塵垢一樣，抹去後就沒有了。
「不空如來藏」是指如來藏功德，就是寶珠本身，不可以說是沒有的。
四、本來具足，不假外求，一切平等：如來藏說，給予人們最大鼓舞的，就是如來藏（佛性）本來具足，不假外求，而且是佛與眾生，都平等擁有的。
這種「本來具足，不假外求」的說法，與《雜阿含經》中，「此有故彼有」的緣起法立場，是相去甚遠了。
對如來藏說持批評，而給予新的解說的，是《楞伽經》與《大般涅槃經》後三十卷。《楞伽經》是接近大乘瑜伽學的思想，而又傾向於唯心說的。對於「如來藏我」，《楞伽經》解說為：
「如來、應供、等正覺，為斷愚夫畏無我句故，說離妄想，無所有境界如來藏門。」
「開引計我諸外道故，說如來藏，令離不實我見妄想。」（《大正大藏經》一六‧四八九中）
這是指出，如來藏說是為了吸引，以及開導習慣於「有我」的外道、凡、愚，來聽聞佛法的方便之說，淡化了「有我」說的色彩。
《大般涅槃經》後三十卷，推測可能是在印度北部，或西域一帶的論師，以《般若經》的空義，與龍樹菩薩的緣起中道說，來淨化前十卷的如來藏真我說。
經中依緣起無自性的立場，來解說佛性，那麼「眾生皆有佛性」，就被解說為「眾生皆有成佛的可能性」了。
如此一來，巧妙地轉移了「本有而不假外求」的說法。
另外，又說依「畢竟空」中，一切法都無所得，所以超越了「空」與「不空」，既見到生死的無常、苦、空、無我，也見到大般涅槃的常、樂、我、淨。
如來藏的本義是「真我」，在以「無我」為正統的佛法中，總不免受到佛弟子的質疑，而嘗試著給予各種新的解說。
「心性本淨，客塵所染」，是《阿含經》以來的思想。
而將如來藏，說成是自性清淨的「真心」，這是「如來藏說」與「心性本淨說」的結合。這樣的結合，淡化了如來藏說真我的色彩，使得如來藏說，更容易被接受而流行。
說真常清淨的如來藏心，與說虛妄生滅的阿賴耶識（心），正好是兩個極端，但在流轉中，卻漸漸地融合了。
綜合如來藏說的「清淨如來藏為依止」，與瑜伽唯識學「虛妄阿賴耶識為依止」的經典，是《楞伽經》與《密嚴經》。
這是重禪觀的如來藏思想者，融攝阿賴耶識思想（也可能是重禪觀的唯識思想者，融攝如來藏說），成立以真常為依止的唯心說。
在這個思想體系中，認為如來藏從無始以來，為惡習所薰變，現起不淨，就被稱為「藏識」。
「藏識」，就是「阿賴耶識」。
「阿賴耶識」有「業相」與「真相」，「業相」指的是煩惱，是應該去除的。
「真相」是如來藏的別名，是清淨而不能被滅除的。
大乘瑜伽學者所說的阿賴耶識，是雜染的。
真常唯心者所說的阿賴耶識，是本淨的，是如來藏真我。
《楞伽經》說：「內証智所行，清淨真我相，此即如來藏，非外道所知。」（《大正大藏經》一六‧六三七中）
《密嚴經》說：「所謂阿賴耶，第八丈夫識，運動於一切，如輪轉眾瓶。如油遍在麻、鹽中有鹹味，亦如無常性，普遍於諸色，沈麝等有香，日月光亦爾。非能作、所作，非有亦非無，遠離諸外道，一、異等眾見。非智所尋求，不可得分別，定心無礙者，內智之所証。」（《大藏經》一六‧七三一中）
「內証智所行」，與「定心無礙者，內智之所証」，都表示了來自定中修觀的修証者體驗，與論師以經典為根據的綜論立場，是不相同的。
《密嚴經》中說如來藏真我，存在於眾生中的理由有二：
其一、是修証者的體驗。這是離開語言文字，無法解說的。
其二、就譬如油藏於麻中，鹽有鹹味，物質中有無常性，沈香、麝香中的香味，日月中的光亮那麼的自然。這還是如來藏說，一貫使用的通俗譬喻說。
《寶性論》與《大乘法界無差別論》，是代表如來藏思想主流的兩部論典。
其中，《寶性論》提出五個理由，來說明為什麼要說如來藏，而不說空：
一、為覺得佛道難行，成佛不易，心生退怯的人，說有自心本俱的如來藏，以激發信心，精進不退。
二、為修學「空慧」，而起傲慢心，容易看不起別人，以為自己比別人殊勝的人，說眾生本俱如來藏，以平等心對治傲慢心。
三、為分別蘊、處、界等一一自性，執「虛妄法」是有的人，說依如來藏而有生死與涅槃，只有如來藏是真實存在的，就不會執著「虛妄法」的事相了。
四、為認為成佛是稀有的，不是每一個人都能成佛的人，說如來藏，說佛性是一切眾生平等共有的，這樣才不會毀謗真實法。
五、為計有神我的一般人，特別是外道，說有如來藏，讓他們容易信受。
如來藏思想在發展中，結合了心性本淨說，以及阿賴耶心識說，發展成為「真常唯心」的思想。
在發展的過程中，一直保有通俗譬喻的特質。
而宣說的內容，一方面說空，一方面說有（所謂的「真空妙有」），很容易廣為大眾信受而流傳。
在中國，真常唯心的思想，是最普遍受歡迎的。佛性本具的思想，深植於中國佛教徒的信仰中。在印度，重真常，重唯心，重修持的風潮，正將印度佛教，一步步推向以「秘密大乘佛教」為主流的新信仰型態中。
