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《大日經》是整個密教經典中的代表，在密教發展史有其無可取代的地位。經中整理了自陀羅尼時期以來的密教，讓密教建構出完整的學說和教義系統，注入更多佛教理論上的內涵，對日後密教影響至矩。若說後期持明密教越受印度教和民間宗教的影響，那《大日經》正好發揮了撥亂反正的作用；若說早期密教只注重事相，那此經正可達致事理兼重，定慧雙修的效果。《大日經》大量吸收了後期大乘經典的理論，尤其《勝鬘經》類的如來藏思想、中觀派的思想來整理密教教義體系，同時經中所載之種種密法亦與後期持明密典《蘇密地》、《蘇婆呼》、《瞿醯》各經典關係密切。

《大日經》所載教義可歸納為因、根、究竟三句，即菩提心為因，大悲為根本，方便為究竟。因句屬於經中的本體，解說清淨平等的菩提心為成佛的內在重要基礎，佛心自心究竟平等，本無差別，如實了自心即成菩提。根句屬於經中的實踐部分，解說大悲胎藏密法，當中以入此曼荼羅是成佛基本條件。究竟句即經中的方便法，解說三密為成佛捷徑、趣入究竟之方便，即以手結印契為身密，口誦真言為語密，心作觀想為意密。三密相應，自可即身成佛。