在《楞伽經》中記載「禪」分四種：凡夫所行禪、觀察相義禪、攀緣如實禪、如來清淨禪；從人無我、法無我，及了知人空和法空後，便能達至如來藏心，即如來禪的境界；歷史敘述禪宗六位祖師的故事，甚至永嘉、馬祖，也沒有具體談及過祖師禪，只有如來禪。
「祖師禪」大約從仰山慧寂（807至883年）禪師與他的師弟香嚴的一斷話中始出現：
香嚴：去年貧，未是貧；今年貧，始是貧。去年無立錐之地，今年錐也無。
慧寂：師弟雖會如來禪，祖師禪尚未夢見在。
香嚴：我有一機，瞬目似伊，若還不識，問取沙彌。
慧寂：且喜師弟會得祖師禪。
相信「祖師禪」是相對「如來禪」而立的，太虛大師認為，「祖師禪」是根據禪師的體悟而方便稱名。由於應機而悟解的程度不同，在證悟如來果之前，應以祖師禪來引證，祖師禪不重文字表述，而是通過當機活用，例如棒、喝、拳、拂、一指禪，甚至狗子無佛性等。越見靈活的應機方式，雖是那麼自由，未覺悟的人卻不知事態嚴峻；以下是唐末時期幾位禪師較誇張的表述：
丹霞天然（739至824年）：佛之一字，吾不喜聞。
趙州從諗（778至897年）：念佛一聲，漱口三日。
南泉普願（748至834年）：馬祖道即心即佛，我這裡不是心、不是佛、不是物。
德山宣鑑（782至865年）：呵佛罵祖
臨濟義玄（866年卒）：不禮佛祖
那不受約束的應機方式近於會昌滅佛（845年）時期，其時武宗皇帝奉道，以前遺留下來，對佛教參與者的便利，如免稅、免徭役等，在經濟與政治動盪的唐末很不利，依仗佛教生活、謀利的人很多，不在其中的人（非佛教）也不少，紛爭一觸即發；但見法難後，拆毀寺院四千六百餘所、私營寺院四萬餘所，還俗僧尼二十六萬五百人，沒收田數十萬頃，奴婢十五萬人；可見會昌前後人心已經異變，但並非佛法的本意，而是社會的現象，我們應當加以警惕。
『祖師禪』與『如來禪』
祖師禪又作南宗禪，特指禪宗初祖菩提達摩傳來，而至六祖慧能以下五家七宗之禪。
主張教外別傳，不立文字，不依言語，直接由師父傳給弟子，祖祖相傳，以心印心，見性成佛，故稱祖師禪。
賢首五祖圭峰宗密禪師，於禪源諸詮集都序卷上，將禪由淺至深，分為五等，即外道禪、凡夫禪、小乘禪、大乘禪、最上乘禪等五種。
其最上乘禪又稱如來禪；達摩所傳之禪，即為此一最上乘禪；
然後世之禪徒，不以宗密之如來禪為最上禪，而謂祖師所傳之真實禪為一味清淨之禪，特稱為祖師禪。此一稱號或始自仰山慧寂。
景德傳燈錄卷十一仰山慧寂章：師曰：『汝只得如來禪，未得祖師禪。』
『如來禪』是經教裡的禪法，因它是如來所說，後人因名之為如來禪。
至於禪宗中的禪法，因它是祖師所倡，後人因名之為祖師禪。
其實祖師禪也是如來所傳，並非祖師所發明，
釋尊在靈山會上，把正法眼藏，涅槃妙心，咐囑摩訶迦葉，這便是祖師禪的來源。