印度佛教从本土消失的主要原因，其中是因为穆斯林外族的入侵。
十二世纪末期时，穆斯林外族入侵，许多佛教大学和寺院被焚毁，许多佛教徒被杀害或被逼改为穆斯林教徒。 印度教虽也受到严重挫折，但会为了保卫文化传统和民族正义，全体抵抗穆斯林教的征服，直至印度从穆斯林统治下解放出来。 相比之下，佛教是一个提倡和平的宗教，佛教徒依循佛陀的教导，不以武力杀戮去解决纠纷。因此，印度佛教徒即便受到了穆斯林的摧残，也不做任何的抵抗。佛教的操作中心因穆斯林的入侵而被毁，导致印度佛教很快在本土消失。
